Nació el 9 de enero de 1950 en Tepic, Nayarit.
A finales de los años sesenta estudió filosofía en el seminario de Tepic y después – de 1969-1972- Teología en el Pontificio Seminario Central de Nuestra Señora de Guadalupe de Montezuma, Nuevo México, EU; (el seminario jesuita cerró en 1972);
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En 1973, fue ordenado sacerdote en la catedral de Tepic por el obispo Adolfo Suárez Rivera, quien fuera después arzobispo de Monterrey, y el sexto cardenal mexicano. Curiosamente Aguiar Retes siguió los pasos de su mentor, ambos fueron obispos de Tepic y de Tlalnepantla y tuvieron cargos importantes en la CEM y la Celam, y ambos fueron Cardenales, Suárez nombrado. por Juan Pablo II y
Aguiar por Francisco
De 1973 a 1974, fue vicario de la Parroquia Santa María Goretti;
En 1974 se fue a Roma como alumno del Pontificio Colegio Latinoamericano donde obtuvo la licenciatura en Sagradas Escrituras:
De 1978 a 1991 fue rector del Seminario de Tepic y presidente de la Organización de Seminarios Mexicanos, conocida como Osmex;
En 1991 regresó a Roma y el 7 de junio de 1996 obtuvo el doctorado en Teología Bíblica en la Pontificia Universidad Gregoriana;
De 1992 a 1993 formó parte de un equipo de biblistas que preparó la edición de la Biblia de América;
Entre 1996 y 1997 fue profesor de la Sagrada Escritura en la Pontificia Universidad de México y rector de la residencia Juan XXIII;
En 1997 Benedicto XVI lo nombró obispo de Texcoco y tres años después ya era integrantes clave de la Celam; fue secretario general (1999-2003), después primer vicepresidente (2003-2007), hasta llegar al cargo de presidente durante 4. años (2011-2015);
En 2003 fue nombrado secretario general de la Conferencia del Episcopado Mexicano (CEM), y en 2006 fue designado presidente durante dos periodos;
En 2007 Benedicto XVI lo nombró miembro del Pontificio Consejo para el Diálogo Interreligioso, y ese año coincidió con Jorge Mario Bergoglio en la Conferencia de la Celam en Aparecida, Brasil; Aguiar era vicepresidente y Bergoglio, arzobispo de Buenos Aires, al final redactaron juntos el documento final;
El 5 de febrero de 2009 Benedicto XVI lo designó arzobispo metropolitano de Tlalnepantla;
En noviembre de 2016, Francisco lo elevó al rango de cardenal en el tercer consistorio de su pontificado;
En la mañana de 7 de diciembre de 2017, Francisco lo nombró nuevo arzobispo primado de México, asumió el cargo el lunes 5 de febrero de 2018. Curiosamente. fue. un cinco de febrero cuando fue nombrado arzobispo en. Tlanepantla… Nada es casual.
